Genomics LIMS-Software

Genomics LIMS- und NGS-Laborsoftware für Sequenzierungsworkflows der nächsten Generation

Speziell entwickeltes Genomik-LIMS für NGS-Labore, das Arbeitsabläufe von der Probenaufnahme bis zur Sequenzlieferung mit Sequenzierungsintegrationen, vollständiger Rückverfolgbarkeit und Unterstützung für ISO/IEC 17025-abgestimmte Arbeitsabläufe verwaltet.

NGS LIMS konfiguriert für Proben-, Bibliotheks-, Lauf- und Analysezustände

Genomics LIMS verbindet Logistik, Analytik, Qualitätskontrolle, Inventar und Statistik

Kerngenomik-Entitäten

  • Proben und Probentypen
  • Amplifikationschargen
  • DNA/RNA-Extraktionen
  • Bibliotheksvorbereitungen
  • PCR- und qPCR-Assays
  • Bibliotheks-QC-Messungen
  • Indexzuweisungen
  • Plattenlayouts
  • Primer- und Sondenchargen
  • Ct-Ergebnisse
  • Gepoolte Bibliotheken
  • Poolquantifizierung
  • Sequenzierungsläufe
  • Spurzuweisungen
  • Kontrollergebnisse
  • Strukturen lesen
  • Demultiplexte Samples
  • Fastq-Dateiverfolgung
  • Analysepipeline wird ausgeführt
  • Qualitätskontrollkontrollpunkte
  • Projekte und Studien
  • Leistungen des Kunden
  • Reagenzienchargenverfolgung
  • Indexsätze und Barcodes
  • Sequenzierungsinstrumente
  • Speicherorte

Integration

  • Illumina NovaSeq-Systeme
  • Illumina NextSeq-Plattformen
  • Illumina MiSeq-Instrumente
  • Oxford Nanopore MinION
  • Oxford Nanopore PromethION
  • qPCR-Quantifizierungssysteme
  • Echtzeit-PCR-Instrumente
  • Nukleinsäure-Extraktionssysteme
  • Umgang mit Flüssigkeiten
  • Bioanalyzer-Integration
  • TapeStation-Datenimport
  • Ergebnisse des Fragmentanalysators
  • Qubit-Fluorometer-Messungen
  • Plattenleser
  • Thermocycler
  • LIMS-zu-Bioinformatik-Pipelines
  • Musterblatterstellung
  • Automatisierter Demux-CSV-Import
  • BaseSpace-Integration
  • Benutzerdefinierte API-Verbindungen
  • Laborautomatisierungssysteme
  • Barcodescanner

Einhaltung

  • Unterstützung für ISO/IEC 17025-ausgerichtete Arbeitsabläufe
  • Vollständige Prüfprotokolle
  • Nachverfolgung der Produktkette
  • Beispiel für die Abstammungsverfolgung
  • Versionskontrolle
  • Benutzerzugriffskontrollen
  • Rollenbasierte Berechtigungen
  • Elektronische Signaturen
  • Aufzeichnungen zur Instrumentenkalibrierung
  • Gerätewartungsprotokolle
  • Dokumentation zur Methodenvalidierung
  • Standardarbeitsanweisungen
  • Integration des Qualitätsmanagements
  • Nichtkonformitätsverfolgung
  • Korrekturmaßnahmenaufzeichnungen
  • Regulatorische Berichterstattung
  • Datenintegritätskontrollen
  • Chargenprotokollverwaltung
  • Aufzeichnungen über die Freigabe von Reagenzienchargen
  • Dokumentenverwaltung
  • Schulungsunterlagen
  • Aufzeichnungen zur Methodenverifizierung

Diese decken ab, was die meisten Sequenzierungs- und Molekularlabore konfigurieren. Alles, was für Ihre Tests, Plattformen oder Ihren Akkreditierungsumfang spezifisch ist, wird während der Einrichtung hinzugefügt.

Genomics LIMS-Softwarefunktionen für Sequenzierungslabore der nächsten Generation

Funktionen für den tatsächlichen Ablauf von Sequenzierungs- und Molekularlaboren, von der Erkennung von Indexkollisionen vor der Bildung eines Pools bis hin zur Zurückhaltung eines Ergebnisses, wenn eine Kontrolle fehlschlägt.

Odoo

Genomik-LIMS auf Basis von Odoo

Lims.science basiert vollständig auf Odoo, einem leistungsstarken ERP-System mit mehr als 15 Millionen Nutzern auf der ganzen Welt.

Wir haben es speziell für Sequenzierungslabore der nächsten Generation angepasst. Sie können alles von der Probenverfolgung und Bibliotheksvorbereitung bis hin zu Sequenzierungsläufen, Demultiplexing und Compliance an einem Ort verwalten.

Brauchen Sie Hilfe?

FAQs

Ein Genomik-LIMS verfolgt den Weg, den eine Probe durch ein Sequenzierungslabor nimmt. Empfang und Beitritt, DNA- oder RNA-Extraktion, Bibliotheksvorbereitung, Indexzuweisung, Pooling, der Lauf selbst, dann Demultiplexing und Lieferung von FASTQ-Dateien. Es speichert die bei jeder Übergabe durchgeführten QC-Messungen und führt den Prüfpfad, den die Akkreditierungsstellen einzusehen wünschen. In Laboren, in denen es nicht vorhanden ist, werden in der Regel Tabellenkalkulationen und Musterblätter verwendet, die nicht mit der tatsächlichen Leistung des Instruments übereinstimmen.

Das Genomics LIMS kann so konfiguriert werden, dass es Anforderungen unterstützt, die für den ISO/IEC 17025-Bereich des Labors relevant sind. Zuordenbare, mit Zeitstempeln versehene Änderungshistorien, elektronische Genehmigungs- oder Signaturkontrollen, Geräteaufzeichnungen, Methodenvalidierungsdokumentation und kontrollierte Aufzeichnungen werden spezifiziert und für die beabsichtigte Verwendung validiert.

Ja. Wir unterstützen die Integration mit Illumina-Plattformen (NovaSeq, NextSeq, MiSeq), Oxford Nanopore-Systemen und gängigen QC-Instrumenten, einschließlich Bioanalyzer, TapeStation, qPCR-Systemen und Qubit. Das System kann für Ihre spezifischen Geräteflotten- und Arbeitsablaufanforderungen konfiguriert werden.

Das System validiert die Indexkompatibilität beim Erstellen gepoolter Bibliotheken und prüft auf der Grundlage Ihrer Indexsätze und der Sequenzierungschemie auf mögliche Konflikte. Sie können umfassende Bibliotheken doppelt indizierter Kombinationen mit automatischer Validierung verwalten, um teure Sequenzierungsläufe vor Indexkollisionsfehlern zu schützen.

Ja. Bibliotheksvorbereitungsprotokolle, QC-Kontrollpunkte, Sequenzierungslaufparameter, Rollen und Genehmigungstore werden rund um den autorisierten Prozess des Labors konfiguriert. Änderungen können während der Implementierung und der laufenden Änderungskontrolle versioniert und mit einem Wirksamkeitsdatum versehen werden.

Gesamtes Genom, Exom, gezielte Panels, Amplikon, RNA-Seq und Metagenomik, mit Probentypen von Blut und Gewebe bis hin zu Abstrichen, Boden und Lebensmittelmatrizen. Molekulare Arbeiten, die vor der Sequenzierung enden, werden auf die gleiche Weise gehandhabt. qPCR und Endpunkt-PCR laufen als eigene Arbeitsabläufe mit 96- und 384-Well-Plattenlayouts, Ct-Erfassung pro Well und Extraktionschargen, die bis zur verwendeten Kit-Charge zurückverfolgt werden. Assay-Definitionen, die Ziele, Zyklusparameter und Akzeptanzkriterien umfassen, werden einmal konfiguriert und danach auf jeden Lauf angewendet.

Es gibt kostenlose und Open-Source-Optionen, und für ein kleines Labor, das eine Handvoll Proben verfolgt, können sie ausreichen. Wo sie normalerweise zur Neige gehen, ist die Integration des Sequenzierers, die Validierung von Indexkollisionen, die Rückverfolgbarkeit von Reagenzienchargen und die Auditaufzeichnungen, die ein Gutachter erwartet. Labore neigen dazu, sich wieder auf den Punkt zu konzentrieren, an dem die Akkreditierung Realität wird.

Unsere Preise liegen deutlich unter den Angeboten der meisten Genomlabore für Unternehmensplattformen und richten sich nach der Größe Ihres Teams und Labors und nicht nach dem Testvolumen. Siehe die Preisseite für aktuelle Zahlen.

Sie können Demultiplexing-Ergebnisse per CSV-Upload importieren oder direkt in Ihre Bioinformatik-Pipeline integrieren. Das System verknüpft demultiplexte Proben zurück mit ihren Quellbibliotheken und Sequenzierungsläufen und gewährleistet so eine vollständige Rückverfolgbarkeit vom Probeneingang bis zur endgültigen Datenlieferung.

Beginnen Sie mit der Verwaltung Ihrer Sequenzierungs- und molekularen Arbeitsabläufe in einem System

Überprüfen Sie ein LIMS, das für Ihren NGS-Workflow konfiguriert ist, von der Aufnahme und Extraktion über die Bibliotheksvorbereitung, Pooling, Sequenzierung, QC-Überprüfung bis hin zur Datenbereitstellung.

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