Logiciel LIMS Génomique pour Laboratoires de Séquençage NGS
LIMS NGS configuré selon les états des échantillons, bibliothèques, runs et analyses
Le secteur en pratique · Génomique
Deux vues de votre activité au laboratoire
L’identité des librairies, le rendement du séquençage et la qualité des lectures restent reliés jusqu’à la revue, sans données génomiques personnelles.
Exemples généralistes présentés à titre d’illustration.
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Conçu pour la complexité génomique
Entités génomiques fondamentales
- Échantillons et types de spécimens
- Extractions d’ADN/ARN
- Préparation des bibliothèques
- Mesures de contrôle qualité des bibliothèques
- Attributions d’index
- Bibliothèques regroupées
- Contrôle qualité PCR et qPCR
- Quantification des regroupements
- Séquençages
- Attributions de voies
- Structures de lecture
- Plans de plaques
- Valeurs de Ct
- Échantillons démultiplexés
- Suivi des fichiers Fastq
- Exécution des pipelines d’analyse
- Points de contrôle qualité
- Projets et études
- Séries d’amplification
- Livrables clients
- Suivi des lots de réactifs
- Ensembles d’index et codes-barres
- Résultats des témoins
- Métrologie de séquençage
- Emplacements de stockage
- Lots d’amorces et de sondes
Capacités d’intégration
- Systèmes Illumina NovaSeq
- Plateformes Illumina NextSeq
- Métrologie Illumina MiSeq
- Oxford Nanopore MinION
- Oxford Nanopore PromethION
- Automates de pipetage
- Systèmes de quantification qPCR
- Métrologie de PCR en temps réel
- Intégration Bioanalyzer
- Importation de données TapeStation
- Systèmes d’extraction d’acides nucléiques
- Résultats Fragment Analyzer
- Mesures fluorimétriques Qubit
- Lecteurs de plaques
- Thermocycleurs
- Pipelines LIMS vers bio-informatique
- Génération de feuilles d’échantillons
- Importation CSV démultiplexée automatisée
- Intégration BaseSpace
- Connexions API personnalisées
- Systèmes d’automatisation de laboratoire
- Scanners de codes-barres
Conformité et traçabilité
- Contrôles configurables pouvant contribuer aux exigences d’ISO/IEC 17025
- Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par le COFRAC
- Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par le CCN
- Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par BELAC
- Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par le SAS
- Historiques attribuables et horodatés des événements configurés
- Suivi de la chaîne de contrôle
- Suivi de la provenance des échantillons
- Contrôle des versions
- Contrôles d’accès des utilisateurs
- Autorisations basées sur les rôles
- Signatures électroniques
- Registres d’étalonnage des instruments
- Journaux de maintenance des équipements
- Documentation de validation des méthodes
- Registres de vérification des méthodes
- Procédures opérationnelles standard
- Intégration de la gestion de la qualité
- Suivi des non-conformités
- Registres des mesures correctives
- Rapports réglementaires
- Contrôles de l’intégrité des données
- Gestion des documents
- Registres de formation
- Registres de libération des lots de réactifs
Ces éléments couvrent ce que configurent la plupart des laboratoires moléculaires et de séquençage. Tout ce qui est propre à vos analyses, plateformes ou portée d’accréditation est ajouté lors de la configuration.
Caractéristiques clés pour laboratoires NGS
Des fonctionnalités conçues pour la manière dont travaillent réellement les laboratoires moléculaires et de séquençage, de la détection des collisions d'index avant la création du pool au blocage d'un résultat lorsqu'un témoin échoue. LIMS ou LIMS selon la terminologie de votre laboratoire, il s'agit du même système.
Système de gestion de laboratoire de génomique basé sur Odoo
Lims.science fonctionne entièrement sur Odoo, un puissant système ERP qui a gagné la confiance de plus de 15 millions d'utilisateurs à travers le monde.
Nous l'avons spécialement adapté aux laboratoires de séquençage de nouvelle génération. Vous pouvez tout gérer depuis un seul endroit, du suivi des échantillons et la préparation des bibliothèques aux séquences, au démultiplexage et à la conformité.
- Configurez protocoles, ensembles d’index et seuils QC pour vos flux NGS.
- Suivez les échantillons de la bibliothèque au regroupement, au séquençage et au démultiplexage avec une traçabilité documentée.
- Soumettez les résultats à une revue et à une autorisation avec historique attribuable, critères de CQ et indicateurs de qualité.
- Attribuez des droits d’accès par rôle pour que techniciens, bioinformaticiens, QC et clients ne voient que l’essentiel.
- Centralisez les opérations multisites, laboratoires de recherche, laboratoires moléculaires et prestataires de séquençage, dans un seul tableau de bord.
- Accédez-y où que vous soyez via le cloud ou installez-le sur votre propre serveur sécurisé.
Besoin d'aide ?
Foire aux questions
Comment le LIMS peut-il être configuré pour les laboratoires de séquençage ?
Le LIMS peut être configuré avec des historiques attribuables, des signatures électroniques selon le périmètre, le suivi de l’étalonnage, les enregistrements de validation des méthodes et des flux qualité. Ces contrôles peuvent contribuer aux exigences d’ISO/IEC 17025 applicables à la portée du laboratoire ; le LIMS ne confère pas l’accréditation.
Le système peut-il prendre en charge plusieurs plateformes et instruments de séquençage ?
Des interfaces peuvent être évaluées pour les plateformes Illumina, Oxford Nanopore et instruments de CQ pris en charge. La faisabilité dépend des interfaces, formats, contrôles et validations disponibles pour le parc concerné.
Comment le LIMS empêche-t-il les conflits d'index dans les analyses multiplexées ?
Le système valide la compatibilité des index lors de la création de bibliothèques mutualisées, en vérifiant les conflits potentiels en fonction de vos ensembles d’index et de la chimie de séquençage. Vous pouvez gérer des bibliothèques complètes de combinaisons à double indexation avec validation automatique afin de protéger les séquençages coûteux contre les échecs liés aux conflits d’index.
Votre LIMS convient-il aux laboratoires moléculaires et aux tests moléculaires ?
Quels types d'échantillons et quelles applications de séquençage sont pris en charge ?
Le système prend en charge divers types d’échantillons (tissus, sang, salive, échantillons environnementaux) et applications de séquençage, notamment le séquençage du génome entier (WGS), le séquençage de l’exome entier (WES), le séquençage d’ARN, les panels ciblés, la métagénomique et le séquençage unicellulaire. Les flux de travail sont personnalisables pour les opérations de séquençage à des fins de recherche, cliniques et commerciales.
Comment les données démultiplexées sont-elles intégrées dans le LIMS ?
Vous pouvez importer les résultats du démultiplexage via un téléchargement CSV ou les intégrer directement à votre pipeline bioinformatique. Le système relie les échantillons démultiplexés à leurs bibliothèques sources et à leurs séquences, garantissant ainsi une traçabilité documentée depuis la réception des échantillons jusqu’à la livraison finale des données.
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